Jednym z kluczowych zagadnień w planie jest tzw. strefowanie, czyli podział puszczy na cztery obszary o różnym stopniu ochrony. Wśród mieszkańców najwięcej emocji budzi tzw. strefa czynnej ochrony różnorodności biologicznej i ochrony krajobrazu (strefa IV), która według wcześniejszych ustaleń miała obejmować 18 proc. powierzchni puszczy. W październiku 2024 r. sejmik województwa podlaskiego sprzeciwił się jej ewentualnemu zmniejszeniu.

Przeciwko zmianom protestują także lokalni samorządowcy i parlamentarzyści. W ostatnich dniach grupa senatorów z Podlasia skierowała do premiera Donalda Tuska oraz minister klimatu Pauliny Hennig-Kloski oświadczenie, w którym zarzuca brak współpracy rządu z lokalnymi społecznościami.

W ramach prac nad planem odbyło się dotychczas 30 spotkań z zainteresowanymi stronami. Instytut Ochrony Środowiska podkreśla, że projekt powstaje przy udziale lokalnych społeczności, jednak nie wszystkie postulaty mogą zostać uwzględnione.